La estructura anual de costos del Programa para un Centro de Gestión, cuenta con dos componentes; uno fijo que considera el pago de las labores administrativas del gerente, arriendo de oficina, equipamiento básico de oficina, equipamiento computacional y servicios básicos, entre otros; y un componente variable, dependiente del número de empresas, del tipo (individuales o asociativas) y tamaño de éstas, dado por el nivel de ventas netas anuales.
INDAP financia el 80% de los costos fijos y de los costos variables. La diferencia es financiada por los(as) usuarios(as). En el caso de los costos variables, el porcentaje se mantiene constante hasta el año cinco, después comienza a decrecer hasta llegar al 40% el año diez.