El objetivo que se ha planteado INDAP, es desarrollar acciones que contribuyan a establecer un óptimo estado sanitario, favoreciendo el desarrollo productivo de los animales domésticos de la Agricultura Familiar Campesina, con un especial énfasis en las enfermedades que limitan el comercio internacional y aquellas que se encuentran bajo programas de vigilancia, control y/o erradicación, incluyendo las zoonosis que son responsabilidad del Ministerio de Agricultura.

Para esto se llevan a cabo acciones tendientes a mejorar las condiciones de inserción de la AFC en las estrategias de desarrollo exportador del sector pecuario nacional, a través de la incorporación de este segmento a los programas sanitarios, de trazabilidad, de certificación de predios pecuarios, así como a través del desarrollo de acciones orientadas a promover las buenas prácticas ganaderas y el bienestar animal.