La Región de Atacama cuenta con una dirección regional y dos agencias de área: Copiapó y Vallenar, respectivamente. El quehacer de estas unidades territoriales, permite a INDAP Atacama apoyar a la pequeña agricultura de siete comunas que componen la región.

INDAP Coquimbo posee una dirección regional, cinco agencias de área ubicadas (La Serena, Ovalle, Illapel, Combarbalá y Monte Patria), y una oficina de área (Vicuña), a través de las que apoya los requerimientos de los productores y pequeños agricultores. Atiende a las 15 comunas que conforman la región.

Posee una dirección regional, además de una agencia de área (Pozo Almonte)

Una dirección regional y una agencia de área, ubicadas ambas en la ciudad de Calama, permiten a INDAP apoyar y fomentar la Agricultura Familiar Campesina. Su trabajo, focalizado principalmente en comunas altiplánicas (Ollagüe, San Pedro de Atacama y Calama), se amplía con la ejecución de proyectos en el sector costero de la región (Taltal y Antofagasta).

Cuenta con una dirección regional y dos agencias de área: Arica y Putre. Ambas unidades entregan asesorías y apoyo a pequeños productores y campesinos de las cuatro comunas que componen las dos provincias (Arica y Putre) que conforman la región.