INDAP Ñuble cuenta con oficinas de Dirección regional en Chillán, y se despliega en todo el territorio de la región en 7 oficinas de agencias de área: San Carlos, Quirihue, Coelemu, Chillán, Bulnes, El Carmen y Yungay. También cuenta con 2 oficinas de sector: San Ignacio y Pemuco

INDAP Biobío cuenta con una dirección regional, 8 agencias de área (Yumbel, Arauco, Cañete, Alto Biobío, Tirúa, Santa Bárbara, Los Ángeles y Concepción), ​dos oficinas de área (Mulchén y Cabrero), con las que esta unidad territorial entrega cobertura a las comunas de la región.

La Región del Libertador Bernardo O’Higgins cuenta con una dirección regional y 10 agencias de área (San Fernando, Litueche, Rengo, San Vicente, Marchigüe, Las Cabras, Doñihue, Santa Cruz, Lolol y Rancagua), unidades territoriales con las que INDAP entrega apoyo a las 33 comunas de la región.

INDAP Maule cuenta con una dirección regional y 11 agencias de área (San Javier, Talca, Curicó, Licantén, Cauquenes, Curepto, San Clemente, Parral, Linares, Longaví y Constitución) para otorgar respuesta a los requerimientos de los pequeños agricultores de las 30 comunas de la zona.

Presente en 38 comunas a través de una Dirección Regional, ocho Agencias de Área y dos Oficinas de Área.

INDAP Metropolitana posee una dirección regional y cuatro agencias de área (Melipilla, Talagante, San Bernardo y Área Norte de Santiago), unidades facilitan la entrega de apoyo y atención a 19 comunas de la región

La Región de Atacama cuenta con una dirección regional y dos agencias de área: Copiapó y Vallenar, respectivamente. El quehacer de estas unidades territoriales, permite a INDAP Atacama apoyar a la pequeña agricultura de siete comunas que componen la región.

INDAP Coquimbo posee una dirección regional, cinco agencias de área ubicadas (La Serena, Ovalle, Illapel, Combarbalá y Monte Patria), y una oficina de área (Vicuña), a través de las que apoya los requerimientos de los productores y pequeños agricultores. Atiende a las 15 comunas que conforman la región.

Posee una dirección regional, además de una agencia de área (Pozo Almonte)

Una dirección regional y una agencia de área, ubicadas ambas en la ciudad de Calama, permiten a INDAP apoyar y fomentar la Agricultura Familiar Campesina. Su trabajo, focalizado principalmente en comunas altiplánicas (Ollagüe, San Pedro de Atacama y Calama), se amplía con la ejecución de proyectos en el sector costero de la región (Taltal y Antofagasta).