La Región de Aysén cuenta con una dirección regional y seis agencias de área (Chile Chico, Puerto Ibáñez, Coyhaique, Puerto Aysén, Cochrane y La Junta), además del apoyo de dos oficinas (Puerto Cisnes y Villa O’Higgins), permiten a INDAP otorgar cobertura a las 10 comunas que componen la región.

La Región de Magallanes, la más austral de todas las unidades de INDAP, cuenta con una dirección regional y tres agencias de área (Punta Arenas, Puerto Porvenir y Puerto Natales) que permiten otorgar cobertura y apoyo a productores y pequeños agricultores de las 11 comunas de la zona.

Una dirección regional, 22 agencias de área ubicadas (Padre Las Casas, Curacautín, Puerto Saavedra, Vilcún, Victoria, Pitrufquén, Loncoche, Lonquimay, Lautaro, Carahue, Traiguén, Toltén, Purén, Pucón, Temuco, Teodoro Schmidt, Nueva Imperial, Villarrica, Collipulli, Cunco, Angol y Galvarino), y dos oficinas (Hualpín y Lumaco), que dan cobertura a las 32 comunas de la región.

INDAP Los Ríos cuenta con una dirección regional y nueve agencias de área (Lanco, Río Bueno, La Unión, Valdivia, Panguipulli, Paillaco y San José de La Mariquina, Los Lagos y Futrono), además de cinco oficinas de área, situadas en El Arrayán, Lago Ranco, Máfil, Corral y Malalhue. A través del quehacer de estas unidades territoriales se entrega atención y cobertura a las 12 comunas de la región.

Con una dirección regional, y 14 agencias de área (Chonchi, Chaitén, Castro, Maullín, Puerto Montt, Osorno, Fresia, Quellón, Purranque, Quemchi, Ancud, Calbuco, Los Muermos y Quinchao), además de 7 oficinas de área (Futaleufú, Palena, Dalcahue, Puqueldón, Río Negro, Queilén y Hornopirén), INDAP otorga cobertura a las 30 comunas que constituyen la región.