La Región de Aysén cuenta con una dirección regional y seis agencias de área (Chile Chico, Puerto Ibáñez, Coyhaique, Puerto Aysén, Cochrane y La Junta), además del apoyo de dos oficinas (Puerto Cisnes y Villa O’Higgins), permiten a INDAP otorgar cobertura a las 10 comunas que componen la región.

La Región de Magallanes, la más austral de todas las unidades de INDAP, cuenta con una dirección regional y tres agencias de área (Punta Arenas, Puerto Porvenir y Puerto Natales) que permiten otorgar cobertura y apoyo a productores y pequeños agricultores de las 11 comunas de la zona.

Una dirección regional, 22 agencias de área ubicadas (Padre Las Casas, Curacautín, Puerto Saavedra, Vilcún, Victoria, Pitrufquén, Loncoche, Lonquimay, Lautaro, Carahue, Traiguén, Toltén, Purén, Pucón, Temuco, Teodoro Schmidt, Nueva Imperial, Villarrica, Collipulli, Cunco, Angol y Galvarino), y dos oficinas (Hualpín y Lumaco), que dan cobertura a las 33 comunas de la región.

INDAP Los Ríos cuenta con una dirección regional y nueve agencias de área (Lanco, Río Bueno, La Unión, Valdivia, Panguipulli, Paillaco y San José de La Mariquina, Los Lagos y Futrono), además de cinco oficinas de área, situadas en El Arrayán, Lago Ranco, Máfil, Corral y Malalhue. A través del quehacer de estas unidades territoriales se entrega atención y cobertura a las 12 comunas de la región.

Con una dirección regional, y 14 agencias de área (Chonchi, Chaitén, Castro, Maullín, Puerto Montt, Osorno, Fresia, Quellón, Purranque, Quemchi, Ancud, Calbuco, Los Muermos y Quinchao), además de 7 oficinas de área (Futaleufú, Palena, Dalcahue, Puqueldón, Río Negro, Queilén y Hornopirén), INDAP otorga cobertura a las 30 comunas que constituyen la región.

INDAP Ñuble cuenta con oficinas de Dirección regional en Chillán, y se despliega en todo el territorio de la región en 7 oficinas de agencias de área: San Carlos, Quirihue, Coelemu, Chillán, Bulnes, El Carmen y Yungay. También cuenta con 2 oficinas de sector: San Ignacio y Pemuco

INDAP Biobío cuenta con una dirección regional, 8 agencias de área (Yumbel, Arauco, Cañete, Alto Biobío, Tirúa, Santa Bárbara, Los Ángeles y Concepción), ​dos oficinas de área (Mulchén y Cabrero), con las que esta unidad territorial entrega cobertura a las comunas de la región.

La Región del Libertador Bernardo O’Higgins cuenta con una dirección regional y 10 agencias de área (San Fernando, Litueche, Rengo, San Vicente, Marchigüe, Las Cabras, Doñihue, Santa Cruz, Lolol y Rancagua), unidades territoriales con las que INDAP entrega apoyo a las 33 comunas de la región.

INDAP Maule cuenta con una dirección regional y 11 agencias de área (San Javier, Talca, Curicó, Licantén, Cauquenes, Curepto, San Clemente, Parral, Linares, Longaví y Constitución) para otorgar respuesta a los requerimientos de los pequeños agricultores de las 30 comunas de la zona.